地魔在食死徒卢修斯·马尔福的家中召开会议。作为背叛者身份的西弗勒斯·斯内普也来到了这里。大家纷纷向伏地魔汇报哈利·波特转移地方的时间。霍格沃茨的上任校长阿不思·邓布利多曾经给哈利的姨父姨母家施了个魔法，在他十七岁成年（魔法世界的成年岁）那天，魔法将会失效，伏地魔就能找到他。斯内普向他的主人说了哈利真正转移的时间，于是，他们确定了一个计划。
在离这儿很远的地方，凤凰社成员来到了他的家中，将他的姨父一家人带到了安全的地方，他也将转移。哈利·波特看着这生活了将近十七年的地方，有种特别的、说不出的感觉涌上。然而，在转移的途中，伏地魔与食死徒来追杀他们，却没能成功。但是，哈利心爱的猫头鹰海德薇与最厉害的傲罗穆迪葬身于他们的手下，罗恩（哈利的好朋友）的哥哥乔治，也被咒语击中，失去了一只耳朵。
魔法部部长来到罗恩的家中，将波特和他的好朋友赫敏·格兰杰与罗恩·韦斯莱叫了出来，并给了他们邓布利多的遗嘱上写的东西，一本书、熄灯器和一个金色飞贼（一个小球）。但另外一件东西格兰芬多的宝剑却不能给他们。在罗恩的另一个哥哥比尔要与芙蓉结婚那天，一群食死徒冲了进来，他们马上反应过来，拉着哈利就跑。他们逃到了哈利的教父小天狼星布莱克的家中，那所房子其他人是看不见的。
他们在那里生活了一段时间，并且从小精灵克里切那儿知道了魂器（灵魂碎片，这里指伏地魔的，总共有七片）斯莱特林的挂坠盒的去向，夺了回来。他们跑到了一个森林里。然而，罗恩却因为嫉妒并憎恨哈利而离他们而去。孤独的他们为了寻找格兰芬多的宝剑来到了戈德里克山谷，却在那儿遭遇了伏地魔与他那条大蛇的袭击。赫敏拼命将哈利救回，却在无意中折断了哈利·波特的魔杖。待哈利醒来之后，觉得一切都没了，罗恩，他的魔杖……
他们来到了迪安树林，在那里，他们看到了一个守护神，是一头美丽的牝鹿。波特独自一人跟着它来到一个湖旁边，在湖底，放着格兰芬多的宝剑。他没入水中，试图拿出宝剑，却被脖子上的挂坠盒勒得喘不过气来……忽然，一双手抓住了他，是罗恩，他救了他。他们拿出了宝剑，销毁了挂坠盒，终于消灭了一个魂器。罗恩向哈利讲述了自己的故事：罗恩来到了比尔的新婚小屋中，说了他出走的事。圣诞节的清晨，罗恩的熄灯器指引他方向，最终找到了他们。
赫敏在邓布利多送给她的书上看到了一个标志，于是，他们来到了同学卢娜的家中请教，却只看到了她的父亲。他们知道了死亡圣器的故事后，遭遇了食死徒，但再一次逃走。后来，他们在森林里被食死徒抓住，带到了马尔福庄园。在那里，他们看到了其他的好友，包括卢娜。还看到了背叛哈利父母的人小矮星彼得。然而，彼得因为一丝怜悯而被伏地魔赐给他的银手活活掐死。这时，哈利的镜片中闪过一道蓝光，那很像邓布利多的眼睛。可是，他不是已经……这道蓝光曾经多次闪过，十分不可思议。在紧急关头，家养小精灵多比出现并救出了他们，却牺牲了自己。
他们来到了比尔的贝壳小屋歇息了几天，就在那段时间中，伏地魔得到了死亡圣器中的老魔杖，是从邓布利多的坟墓里夺出来的。哈利·波特他们又决定到古灵阁的金库中寻找魂器——赫奇帕奇金杯。这并没有成功，反而被妖精拉环夺走了宝剑。他们坐着一只火龙离开了。
哈利他们决定到霍格沃茨学校去，却碰到食死徒。在危急时刻，一个人让他们藏在了猪头酒吧里，掩护了他们。哈里看到了那个人的眼睛，是蓝色的，在他在镜子里看到的蓝光一模一样……原来，他是邓布利多的弟弟——阿不福思·邓布利多。哈利在那里见到了他的许多好朋友，并潜入了学校，碰到了格兰芬多学院的院长，麦格教授，向她说明了情况。
麦格教授组织了全校老师与部分学生来抵抗伏地魔与他的追随者，提供哈利所需要的时间。他知道了拉文克劳的冠冕在哪，并找到销毁。之后，哈利亲眼目睹了背叛者斯内普的死。他是被伏地魔的大蛇咬死的。斯内普看到哈利后，用一个瓶子装了一种银色的东西，哈里知道那是什么——是记忆。哈利看到了他眼中的某种东西正在消逝。哈利将记忆放入了冥想盆里……真相大白了。斯内普是个好人，他一直在做间谍，为邓布利多提供情报，并且从孩提时代就爱上了哈利的母亲，莉莉·伊万斯。原来，他自己也是伏地魔的一个魂器，只有他死，伏地魔才有可能倒下......一切都结束了，只剩下一件事：死。但哈利并没不畏惧。他面对强大的伏地魔，没有丝毫反抗。他倒地后，来到了一个梦境。在那里，他见到了邓布利多，与他交谈，安慰他。随后，他又醒来，与伏地魔展开战斗。他向着天空喊出他最热切的希望：除你武器。这是一个人人都会的魔咒。而伏地魔出的魔咒：阿瓦达索命，则是无人能抵挡的杀戮咒。但是，伏地魔倒下了，像个凡人一样死去……
死亡圣器怎么能战胜纯正的灵魂呢？
九年过去了，伤疤从来都没再疼过。一切太平。